Hàng tạm nhập, tái xuất hoặc tạm xuất, tái nhập chỉ thu lệ phí làm thủ tục hải quan một lần khi làm thủ tục nhập khẩu; hàng gửi kho ngoại quan chỉ thu lệ phí làm thủ tục hải quan một lần khi làm thủ tục nhập kho, khi xuất kho không thu.

Các phương tiện vận tải thường xuyên qua lại biên giới được quản lý theo phương thức mở sổ theo dõi hoặc bằng máy vi tính, không quản lý bằng tờ khai thì không thu lệ phí làm thủ tục hải quan.

Đối với phương tiện vận tải đường bộ được tạm nhập, tái xuất hoặc tạm xuất, tái nhập chỉ được thực hiện thu lệ phí làm thủ tục hải quan một lần khi làm thủ tục nhập khẩu, không thu lệ phí làm thủ tục hải quan khi xuất khẩu.

Thời hạn nộp phí, lệ phí được quy định như sau: a) Lệ phí làm thủ tục hải quan phải nộp trước khi cơ quan hải quan kiểm tra xác nhận “đã hoàn thành thủ tục hải quan”; b) Lệ phí hàng hoá, phương tiện vận tải quá cảnh phải nộp ngay khi làm thủ tục cho hàng hoá, phương tiện vận tải quá cảnh;

Đối với các đối tượng có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu thường xuyên hàng tháng và chấp hành tốt pháp luật về hải quan được nộp phí, lệ phí theo tháng; trong thời gian 10 ngày đầu của tháng tiếp theo phải nộp hết số tiền phí, lệ phí của tháng trước theo quy định. Đối với các đối tượng áp dụng qui trình thực hiện thí điểm thủ tục hải quan điện tử thì thời hạn nộp phí, lệ phí được thực hiện theo quy định của Bộ Tài chính về quy trình thực hiện thí điểm thủ tục hải quan điện tử đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.

Phí, lệ phí hải quan thu bằng đồng Việt Nam. Trường hợp đối tượng nộp phí, lệ phí hải quan có nhu cầu nộp bằng ngoại tệ thì được thu bằng ngoại tệ tự do chuyển đổi và được quy đổi từ đồng Việt Nam ra ngoại tệ tự do chuyển đổi theo tỷ giá giao dịch bình quân trên thị trường ngoại tệ liên ngân hàng do Ngân hàng Nhà nước Việt Nam công bố tại thời điểm thu phí, lệ phí. Đối với các đồng ngoại tệ chưa được Ngân hàng Nhà nước Việt Nam công bố tỷ giá giao dịch bình quân trên thị trường ngoại tệ liên ngân hàng thì xác định theo nguyên tắc tỷ giá tính chéo giữa tỷ giá đồng đô la Mỹ (USD) với đồng Việt Nam và tỷ giá giữa đồng đô la Mỹ với các ngoại tệ đó do Ngân hàng Nhà nước Việt Nam công bố tại thời điểm thu phí, lệ phí.

Thông tư cũng quy định rõ các trường hợp không thu phí, lệ phí hải quan gồm: (1) Hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại; quà tặng cho các cơ quan nhà nước, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị – xã hội, tổ chức xã hội, tổ chức xã hội – nghề nghiệp, đơn vị vũ trang nhân dân và cá nhân; đồ dùng của các tổ chức, cá nhân nước ngoài theo quy chế miễn trừ ngoại giao; hành lý mang theo người; hàng bưu phẩm, bưu kiện dưới 5 kg và có giá trị dưới 5 triệu đồng (bao gồm cả hàng hoá xuất nhập khẩu gửi theo phương thức chuyển phát nhanh dưới hình thức bưu phẩm, bưu kiện); (2.)Hàng đang làm thủ tục hải quan phải lưu kho hải quan để ngày hôm sau hoàn thành thủ tục hải quan; (3) Hàng xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ (kể cả hàng hoá trao đổi giữa doanh nghiệp chế xuất với nội địa và giữa doanh nghiệp chế xuất với nhau); (4) Áp tải tàu biển và hàng hoá, hành lý chuyên chở trên tàu biển từ phao số “0” vào khu vực cảng biển và ngược lại.

Thông tư này có hiệu lực thi hành sau 45 ngày kể từ ngày ký. Bãi bỏ Quyết định số 73/2006/QĐ-BTC ngày 18/12/2006 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc quy định chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí, lệ phí trong lĩnh vực hải quan; Quyết định số 118/2008/QĐ-BTC ngày 16/12/2008 về việc sửa đổi, bổ sung Quyết định số 73/2006/QĐ-BTC ngày 18/12/2006; Quyết định số 1544/QĐ-BTC ngày 15/7/2008 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc ban hành Qui chế quản lý và sử dụng phí, lệ phí hải quan.